El Área de Gerencia Marítima implanta la Ley de Muelles y Puertos vigente en Puerto Rico, desarrolla y mantiene las instalaciones marítimas. Opera el Puerto de San Juan, el de mayor actividad turística y de carga en el Caribe y otros ocho (8) puertos a través de la Isla. Los mismos son: Guayanilla, Guánica, Guayama (Las Mareas), Arecibo, Yabucoa, Fajardo, Vieques y Culebra.